Der Schulpfarrer ist verantwortlich für die Profilierung des christlichen Selbstverständnisses seiner Schule. Auf diese Weise weitet er den Horizont für die religiöse Dimension pädagogischen Handelns. Schulseelsorge fördert durch das Angebot von Gottesdiensten, Einkehrtagen, Andachten oder Projekten die religiöse Sprachfähigkeit von Kindern, Jugendlichen und jungen Erwachsenen. Insbesondere bietet sie allen Mitgliedern der Schulfamilie Raum für eine christlich verantwortete Lebensbegleitung und erinnert damit daran, dass sowohl persönlicher Erfolg, als auch die Bruchstückhaftigkeit des eigenen Tuns in Gottes Liebe geborgen sind.
Bei der Aufnahme in die Wilhelm-Löhe-Schule ist bei Ungetauften ein Gespräch mit dem Schulpfarrer notwendig. In diesem Gespräch wird noch einmal die christliche Ausrichtung der Schule thematisiert und gemeinsam überlegt, unter welchen Umständen die Anmeldung sinnvoll ist. Der Schulpfarrer ist gleichzeitig der Fachschaftsleiter der gesamtschulischen Fachschaft Religion und damit der größten Fachschaft an dieser Schule. In dieser spielen die Fragen nach dem Profil der Schule und ihrer Ausrichtung als christlicher Schule eine besondere Rolle.